本发明涉及一种无位置传感器无刷直流电机转子换相误差校正方法及控制系统。通过傅里叶分解获得电机相反电势谐波信息，分析存在换相点相位偏移时导通区开始与结束时电机端电压差值与换相点偏移相位之间的解析关系，并根据反电势谐波信息反推换相点偏移相位，进而将实时计算的相位偏差叠加到原始信号中，得到高精度的换相信号。控制系统基于所设计的校正方法,采用闭环控制方式,有效减少了无位置传感器电机的换相误差，大大提高了误差收敛速度与无位置传感器电机的工作效率。