本发明提供了一种基于滑模干扰观测器的大挠性航天器干扰补偿方法，所述补偿方法包括如下步骤：a)搭建航天器姿态控制系统Σ1；b)构造外部系统Σ3，所述外部系统Σ3引入航天器挠性附件阻尼矩阵的不确定部分；所述外部系统Σ3引入航天器挠性附件刚度矩阵的不确定部分；所述外部系统Σ3对挠性振动与环境干扰之和进行描述；c)设计滑模干扰观测器，所述滑模干扰观测器对挠性振动与环境干扰之和进行估值；d)将标称控制器与步骤c)中所述的滑模干扰观测器进行复合得到复合控制器；所述复合控制器通过挠性振动与环境干扰之和的估值对所述挠性振动与环境干扰之和进行补偿。