本发明涉及一种基于晶振频谱的电路模块电磁兼容性设计方法，步骤如下：步骤一：确定电路所选用晶振的输出频谱和相关参数；步骤二：通过测试电路模块电源平面输出信号频谱判定干扰来源并验证；步骤三：确定晶振干扰信号耦合路径；步骤四：进行电磁兼容改进设计。本发明从晶振频谱特征入手，研究电路模块电磁兼容性设计的共性技术，解决电磁兼容关键问题，通过对频率源模块的电磁兼容性设计和分析总结，力图为模块电路的电磁兼容性设计提供一种通用技术手段，在提高电磁兼容性设计效率的同时，增强模块电路设计的可靠性，同时具有通用性，成本低的优点。