本发明涉及一种未知频率谐波干扰下的火星着陆器抗干扰控制器；首先，搭建火星着陆器的姿态运动学与动力学模型；其次，针对着陆器引擎，与大气剧烈摩擦带来的结构性不确定性谐波影响，设计未知频率谐波干扰观测器对干扰影响进行估计，进而通过前馈通道进行补偿；再次，利用滑模控制器实现对姿态指令的跟踪；最后，未知频率谐波干扰观测器和滑模控制器进行复合，构造抗干扰控制器。本发明具有强抗干扰性的特点，相对于传统的火星着陆器控制器适应性及抗干扰能力更强。