本发明涉及一种用于抑制柔性振动的航天器姿态参考指令生成方法，采用由一系列脉冲叠加得到的前馈滤波器对航天器期望姿态角进行滤波，生成适用于PD形式姿态闭环负反馈控制的航天器姿态参考指令。其前馈滤波器由姿态运动滤波器和柔性振动滤波器卷积得到，需要根据每个姿态控制任务的要求以及测量或估计得到的姿态控制任务开始时刻的系统初始条件来在线进行有针对性的设计。期望姿态角经滤波器滤波后生成姿态角指令，与实际姿态信息一起输入给控制器，生成控制力矩，完成姿态控制。本发明适用于具有柔性结构体的航天器进行rest‑to‑rest机动、moving‑to‑rest机动或稳定控制的情况，可以实现在系统非零初始条件下完成姿态控制任务，并对不期望的柔性振动进行有效抑制。