本发明公开一种活动管道结构、设置方法及船舶，活动管道结构包括第一连接部、第二连接部和紧固件，第一连接部包括贯通管和第一法兰，第二连接部包括活动管、压盖、和密封填料，活动管的外径小于贯通管的内径，活动管的一端位于贯通管内部，压盖上设置有限位槽，密封填料设置在限位槽内并与活动管的外壁贴合，压盖上设置有固定孔，压盖和第一法兰由紧固件固定连接。本发明的活动管道结构将管径较小的活动管的一端设置在管径较大的贯通管的内部，通过活动管与密封填料之间的相对运动实现一定程度的伸缩功能，从而无需单独设置伸缩接头，简化了管道结构、降低了管道成本和维护难度。