本发明公开了一种全国飞行流量时空分布预测推演系统及方法，预测推演系统包括空域结构模块、基础数据模块、飞行需求预测模块、飞行流量时空分布推演预测模块以及分析显示模块，前三个模块用于存储与维护全国飞行流量相关数据，后三个模块面向全国飞行流量预测推演的实际分析与应用；该方法在对全国机场对未来飞行需求进行预测的基础上，构建未来典型日全国初始飞行计划，以此为基础实现对全国飞行流量的推演预测，得到各类空域单元在容量限制、空域限制、通航影响等条件下的飞行流量时空分布；切实为我国新改建机场、航路及扇区结构优化以及航班时刻制定等提供决策依据，提升战略飞行流量管理决策的合理性和科学性。