本发明涉及一种自动电子罗盘校准辅助式的航姿参考系统及方法，包括：航姿参考系统AHRS和承担在线磁场纠正功能的罗盘纠正系统MCS；其中AHRS作为主机包括：主控制器，惯性传感器组，传感器校准算法、在线磁场纠正算法、姿态补偿算法和级联滤波器；惯性传感器组包括三轴加速度计、三轴陀螺仪、三轴电子罗盘，提供惯性姿态数据；MCS作为从机，包括:协处理器，两轴转台，转台控制系统，磁场建模模块；本发明在无需提前手动校正的情况下，提高了便携式航姿参考系统的姿态解算精度和适用性，克服了现有技术对磁场干扰的适应性不强，姿态解算的鲁棒性不高等不足，对惯性导航、航姿测算等领域的工程实践具有一定的参考指导意义。