一种基于多工位装配夹具补偿的柔性件装配尺寸偏差控制方法，其特征是以控制理论的状态空间法为基础，在各工位的定位或重定位环节中加入夹具补偿系统，所述系统包括偏差数据采集、补偿方案决策和补偿实施三个模块。偏差数据采集模块提供系统的输入，除第一个工位外，其它工位需要采集前置工位装配后装配件的尺寸偏差值。补偿方案决策模块是核心内容，包括装配偏差建模、补偿量优化模型建模与最优补偿量求解三个步骤，用来确定后续工位的夹具定位补偿量，以使后续工位的装配偏差最小。补偿实施模块中依据补偿决策方案，对夹具定位点做出调整。本发明能科学、准确、即时地减小各工位的装配偏差，实现对柔性件多工位装配偏差的逐工位控制，减小柔性件多工位装配后的尺寸偏差。