本发明公开了一种基于M估计稳健回归的时间触发以太网时钟补偿方法，包括的步骤有：首先运用时钟模型选择时钟拟合函数；然后通过TTE时钟同步算法，获取各同步主节点和从节点的补偿值；接着通过所述补偿值运用M估计稳健回归方法预测下一时钟周期的补偿值；最后采用动态值的渐进调整方法调整各个本地时钟值，实现时钟同步，并进入下一次时钟同步补偿流程，直至通信完成。本发明方法解决了时钟补偿过程中渐进补偿值选取困难的问题，避免了渐进补偿值依据经验值，不能很好适应于TTE的实时性要求的现象。