本发明提出了一种基于频域特征的无人机遥控信号识别方法，具体为：将接收的无人机遥控信号进行预处理，取M位数据进行N路信道化处理，多次统计有输出的信道数、测频输出均值、测频中位数、测频最大值、测频最小值，并据此确定无人机遥控信号的有输出的信道数、测频输出均值、测频中位数、测频最大值、测频最小值，根据确定的无人机信号各值与设定阈值的关系，确定无人机遥控信号为上行链路信号还是下行链路信号。本发明计算量适中、检测速度快，结合高性能的FPGA芯片，可以实现低信噪比信号的实时处理。