本发明的目的是提供一种柔性浮筏智能隔振控制系统设计方法，包括步骤1：根据柔性浮筏隔振系统结构图确定传感器、步进电机、步进电机驱动器、非自锁限位开关及其电源和电机减速器组合体的配置数量、装配位置；步骤2：传感器、步进电机、步进电机驱动器、电机减速器组合体、非自锁限位开关及其电源的选型：步骤3：传感器、步进电机、步进电机驱动器、驱动电源、电机减速器组合体、非自锁限位开关及其电源、Dspace接线与安装：步骤4：设计MATLAB/Simulink控制算法，设置相关通道：步骤5：将MATLAB/Simulink控制算法下载到Dspace硬件当中，在线运行与监测。避免了现有技术中易产生控制溢出，观测溢出以及智能化控制器设计复杂的问题。