本发明提出一种雷达引导无人机自动着舰制导与控制系统及其控制方法，该制导与控制系统由机载控制子系统和舰载制导子系统组成，两个子系统之间通过数据链路实现通信，通过将测得的无人机与舰船相对位置信号减去由于甲板运动而引起的扰动信号，获取一个稳定坐标系下的机舰相对位置信息；通过纵向引导律、纵向控制律、侧横向引导律和侧横向控制律计算出无人机的纵向、横侧向控制信号，控制无人机实现在舰船上自动着舰，所提出的制导与控制系统增大了无人机着舰的准确度和安全性。