本发明公开了一种多端口FC加密方法及装置，属于信息安全领域。方法：根据加密装置中加密算法核的排列顺序，从第i+1个加密算法核开始，顺次检测加密算法核是否为空闲状态，第i个加密算法核为上一次分配到待加密数据进行加密的加密算法核，第i个加密算法核分配到的待加密数据从第x个FC的输入端口输入；当检测到第j个加密算法核为空闲状态时，根据FC的输入端口的排列顺序，从第x+1个FC的输入端口开始，顺次检测输入端口是否输入待加密数据；当检测到第y个FC的输入端口输入待加密数据时，分配第y个FC的输入端口输入的待加密数据至第j个加密算法核进行加密；将第j个加密算法核加密后的数据分配至第y个FC的输出端口进行输出。