本发明公开一种双频定子双绕组五相异步发电系统的控制方法，步骤是：采集定子双绕组五相异步电机的线电压、相电流、控制绕组侧的第一直流电压及功率绕组侧的第二直流电压；将线电压和相电流分别变换到二相静止坐标系下；计算第一、第二频率的电流给定；计算第一频率的相位信号，将第一、第二频率的电流给定由四相旋转坐标系变换到四相静止坐标系下；计算静止坐标系下的电压给定，并输出一脉冲宽度调制电压信号。此种控制方法可在不改变发电机硬件的基础上，从控制策略的角度实现控制双频信号及双频下发电系统能量的最优输出。本发明还公开一种双频定子双绕组五相异步发电系统的控制系统。