本发明公开了一种双机器人协同自动装配的智能化柔性生产线及其运行方法，所述生产线包括工控机、双轨道及移动平台、双工业机器人、控制柜、送钉系统、真空吸屑装置、试刀站和柔性工装,采用双机器人协同钻铆的工作模式，双机器人系统分布在产品的两侧，利用单侧机器人检测信息实现双机器人的位姿修正，工作时动态进行机器人主从分配，当主从切换时对压力脚进行快换，主机器人钻孔和正面压紧，从机器人从产品背面压紧，完成钻孔后可进行双机器人电磁铆接。本发明可实现高度智能化的双机器人协同钻铆，能够完成双侧制孔和单侧铆接，有效抑制毛刺生成，铆接质量高，加工范围广，柔性高，适用多种类型的产品。