本发明公开了一种机器人自动装配的智能化柔性生产线及其运行方法，所述生产线包括工控机、轨道及移动平台、工业机器人、工业机器人控制柜、送钉系统、真空吸屑装置、主控制柜、试刀站和柔性工装，所述工业机器人、工业机器人控制柜、送钉系统、真空吸屑装置、主控制柜安装在所述移动平台上，末端执行器搭载在工业机器人的末端，柔性工作和试刀站设置在所述轨道的一侧。本发明可实现高度智能化控制的加工过程，且对过程控制精准，产品加工质量高且稳定性好，且适用多种类型的产品。