本发明公开了一种绕组开路式永磁电机发电系统的能量分配控制方法，首先，获取电枢绕组电流转矩分量的期望值；其次，根据蓄电池电压和外部能量分配指令确定蓄电池期望输出电流；将蓄电池期望输出电流与蓄电池输出电流的差值经过比例积分调节器后，得到每相电枢绕组电流调功分量的期望幅值；然后，计算电枢绕组电流的期望值：最后，比较电枢绕组电流的期望值与实际测得的电枢绕组电流，得到开关状态，控制绕组开路式永磁电机发电系统的三相桥式逆变器。本发明能量分配方法在绕组开路式永磁电机电枢绕组电流中注入调功分量，实现蓄电池能量和内燃机能量的有效控制，同时不增加励磁绕组和励磁功率变换器，保证了系统的高效率，高集成度和低成本。