本发明公开了一种基于大气阻力模型补偿的低轨卫星轨道预报方法，涉及航空航天领域。该方法：S1，利用星载GNSS接收机伪距观测量和IGS发布的超快星历对卫星进行定轨，得到卫星的动力学参数，所述动力学参数包括卫星位置、速度、CD、CR和逐段常量经验加速度参数；S2，对经验加速度建模，然后该模型与确定性动力学模型组成增强型动力学模型，最后利用定轨最终历元的卫星的位置和速度作为初值进行轨道预报。本发明所述方法只要求存在星载接收机伪距观测量即可；并且易于实现，对定轨后的经验加速度拟合，即可应用于轨道预报；同时，所述方法还具有一定普适性和可操作性，在一定程度上补偿了大气阻力模型误差，提高预报精度，应用于在轨高精度导航。