本发明公开了一种大规模MIMO系统两次聚类划归的导频分配方法，导频分配方法的步骤具体为：步骤1、L小区基站各自计算所在小区内所有用户的大尺度衰落因子；步骤2、L小区基站计算用户一次聚类阈值，并依据用户一次聚类阈值对本小区所有用户进行一次聚类划归；步骤3、L个小区基站计算用户二次聚类阈值；步骤4、L个小区基站根据用户二次聚类阈值对本小区中一次聚类边缘类的所有用户类别进行再次划归；步骤5、L个小区基站对二次聚类中心类用户排序；步骤6、导频集合划分；步骤7、导频分配；有益效果：减小中心组用户性能损失的前提下改善边缘组用户的服务质量(QualityofService.QoS)；有效抑制了导频污染。