本发明实施例提供一种铁路专网通信保障方法及系统，其中，所提供的方法包括：在每一个预设时间间隔，向GSM‑R模块发送网络状态查询指令，并获取GSM‑R模块的查询响应信息，若判断获知响应信息满足预设条件，则将注册标志位信息修改为注销状态并执行注销流程；在注销流程结束后将注册标志位信息修改为复位状态并在执行复位操作后执行初始化处理流程，重新发起网络注册；其中，预设条件具体为未收到GSM‑R模块的应答次数达到预设次数。本发明实施例提供的铁路专网通信保障方法及系统，当列尾机车台或列尾主机之间通信状态出现丢失时，对通信设备进行复位并进行网络注册，保证了列尾机车台和列尾主机的通畅，提高了铁路专网中GSM‑R数据通信成功率。