本发明公开了一种消除无线指纹地图二义性的方法，涉及定位服务技术领域，其包括以下步骤：S1，确定移动端的的最低采样周期，采集移动端的惯性传感器数据和RSSI数据；S2，通过粒子滤波将惯性传感器数据转换为逻辑轨迹和它的终点集合；S3，对终点集合按照权重分为A、B、C类，对应的形成A、B、C类轨迹簇：S4，将获得的A、B、C类轨迹簇形成队列；S5，消除指纹二义性，生成室内无线指纹地图，本发明的有益效果是：利用轨迹联合约束消除轨迹二义性，提高轨迹利用率，将数量巨大的短轨迹利用起来，通过提高轨迹利用率的方式不仅提升了数据的使用效率，也弥补因低频采样带来的数据总量不足。