本发明公开一种防止伪基站短信攻击的APP网络安全防护系统及其方法。本发明采用伪基站探测技术，即对无线参数进行分析探测周围是否存在伪基站攻击；利用改进后的短信验证码接收方式，即提供第三方手机号码或采用服务器语音电话告知短信验证码，降低伪基站截获短信验证码的概率，可以有效降低短信验证码被接管风险，大大提高伪基站接管技术难度，提升系统整体安全性能；手势密码或动态人脸识别技术作为二次验证，在短信验证码失败后也无法在短期内完成手势密码或动态人脸识别技术破解，有效降低APP被攻破风险。本发明多种技术相互结合，可大大的降低伪基站攻击成功的概率，提高APP登录或移动支付的安全性。