本申请公开了一种基于证书密码学的抗量子计算保密通信的密钥更新方法和系统，抗量子计算保密通信的密钥更新系统包括客户端和服务器，客户端配置有客户端密钥卡，客户端密钥卡内存储有非对称密钥池、客户端私钥和客户端数字证书；服务器配置有服务器密钥卡，服务器密钥卡内存储有非对称密钥池、服务器私钥和服务器数字证书；客户端密钥卡内的非对称密钥池和服务器密钥卡内的非对称密钥池均包含客户端和服务器的公钥。本申请客户端与服务器之间传输消息时，利用密钥池中的密钥对加密参数增加了偏移量，仅有密钥卡拥有者可以恢复该偏移量而得到原始加密参数，这让量子计算机在传输过程中难以破解加密参数，充分地保障了密钥更新过程的安全性。