本发明公开了一种基于碰撞风险模型的终端区航线安全容限监测方法和系统，涉及终端区监视技术领域。本发明根据广播式自动相关监视观测数据建立侧向和垂向航迹偏差分布模型；根据航迹偏差，基于碰撞风险模型计算飞行碰撞风险；在给定飞行碰撞风险的情况下，根据航线上飞机的飞行状态，利用飞行碰撞风险与侧向和垂向安全间隔的单调性，迭代求出与假设平行航线的距离，即最大允许的飞机航迹偏差范围。所述系统包括数据预处理模块、航迹偏差建模模块和航迹安全容限评估模块。本发明实现对终端区航线安全容限的监测，能够有效降低复杂的终端区环境下的碰撞风险，提高空中交通管制运行的安全水平和空域容量。