本发明提供了一种控制多联式空调机组运行的方法和装置，该方法包括主控板MCU判断多联式空调机组是否通过认证；若否，则主控板MCU控制主加密芯片向从加密芯片发送身份认证质询数据；从加密芯片根据从身份认证质询数据中解析得到的主加密芯片中的公钥以及从加密芯片的公钥和私钥，生成签名码，并将签名码和从加密芯片的公钥发送给主加密芯片；主加密芯片根据接收到的从加密芯片的公钥以及主加密芯片的公钥和私钥，生成验证码，比较签名码和验证码，并将比较结果发送给主控板MCU；主控板MCU根据比较结果确定认证结果，控制多联式空调机组的运行，并将认证结果写入主控板的存储单元。