本发明提出一种基于PUF密钥的专用压缩系统，涉及无损压缩安全技术领域。该系统包括：核心功能单元、用户操作单元和辅助功能单元。核心功能单元包括：PUF密钥读取模块、压缩算法模块和解压缩算法模块，压缩模块包括普通压缩单元、专用压缩单元，解压缩模块包括普通解压缩单元、专用解压缩单元。该系统提供可视化用户操作界面能够在各大主流操作系统上高效运行，采用PUF密钥读取模块从PUF密钥生成电路中读取PUF密钥，实现采用该系统加密压缩而获得的压缩文件只能由该系统解密压缩而获得原文件，此外，还实现了PUF密钥获取模块同PUF密钥生成电路的解耦，因此提取PUF密钥的时候无需进行繁琐的适配性操作。