本发明涉及通信设备的网络配置系统技术领域，尤其涉及一种基于SDN的网络配置系统，应用于Linux系统；包括：SDN控制器用于生成并下发转发流表；SDN设备内包括：获取单元，用于获取系统内各个应用程序产生的应用流量；路由单元内预先设有多个相互独立的业务转发通道，每个业务转发通道对应于一个应用程序；转发单元根据转发流表的流表项将各应用流量匹配到对应的至少一个业务转发通道中。有益效果在于：通过多个业务转发通道隔离三层网络，避免了复杂的路由设置；多个业务转发通道于应用层相互隔离，保障了网络运行的稳定性和安全性；多个业务转发通道于内核层相互连接，提升了业务转发的灵活性。