本发明提供一种基于软件定义网络的应用流量识别方法及系统，涉及网络通信技术领域，包括交换机获取用户终端的应用流量，并将应用流量复制到识别控制模块；交换机根据应用流量生成连接跟踪表，连接跟踪表中包括第一子字段和第二子字段；识别控制模块根据预设规则对第一子字段和第二子字段进行分析，并根据分析结果确定对应用流量进行识别时调用识别引擎根据预先生成的识别特征匹配库对应用流量进行识别：若识别成功，则将应用流量的识别标识记录在第一子字段内；若未识别成功，则将应用流量的识别次数加一并更新第二子字段。本发明通过最小改动量对应用流量进行识别，增加业务灵活性的同时减小系统开销，同时减小交换机到控制器的网络压力。