本发明提供一种采用GBBF技术的静止轨道卫星通信系统星地频差校准方法及系统，1)地面发送导频信号2)卫星接收导频信号对其进行变频转发，环回给地面；卫星转发环回导频信号时，同时向地面发送两路频率不同的导频信号3)地面接收环回导频信号和导频信号计算3路导频信号的中心频率，进而计算出星地运动多普勒因子K以及上行星地介质多普勒频偏4)地面对n个馈源信号的中频作出调整，补偿馈源在空间传输时带来的馈源之间的频率差；5)地面把n个基带或低中频的馈源信号上变频为射频的馈源信号，之后进行合路形成一路FDM信号，发送到卫星；6)星上把一路FDM信号分为多路；把n个馈源信号下变频为中频的馈源信号。