本发明提供了一种物理隔离条件下反向数据的分级同步方法和系统，在通过网络安全隔离装置隔离内网的外网计算机中使用配置文件描述反向数据的配置信息；在外网的计算机中新建待发送文件目录，数据发送进程根据配置信息获取反向数据，并保存在所述待发送文件目录中；隔离文件发送进程从待发送文件目录读取文件发送给内网计算机；在内网计算机中新建文件接收目录，隔离文件接收进程接收外网计算机发送的文本文件，保存到所述文件接收目录；在内网计算机中数据接收进程监视并扫描文件接收目录，对目录内的文件进行优先级排序，依次读取文件解码，从文件中还原出原始数据包。本发明可以实现物理隔离条件下的高优先级的数据优先处理。