本申请公开了一种用于无人机通信的波束追踪方法与系统，其中，用于无人机通信的波束追踪方法包括：地面用户终端初始化信道估计，获取初始化波束角度向量；地面用户终端和无人机基站分别根据定位信息获取k时刻的波束角度向量及k时刻的波束赋形向量；地面用户终端根据初始化波束角度向量、k时刻波束角度向量及k时刻波束赋形向量基于无迹卡尔曼滤波的波束追踪方法进行建模，建模包括状态转移方程和测量方程；地面用户终端根据状态转移方程进行信道预测并获得滤波参数和测量值向量；地面用户终端根据滤波参数和测量值向量更新滤波参数并计算最优波束角度。本申请具有提高无人机基站对地面用户终端的波束对准精度的技术效果。