本发明提供一种超疏水纳米透明涂层及其制备方法，属于超疏水涂料技术领域。所述方法首先将第一类无机纳米粒子加入到有机溶剂中，超声分散；再加入分散剂和第二类无机纳米粒子，超声分散，得到分散液；在上述分散液中加入交联剂及添加剂，超声分散，最后加入低表面能聚合物，混合均匀，得到透明澄清的超疏水涂料；将上述超疏水涂料涂覆在固体基材表面，低温热干燥固化得到超疏水纳米透明涂层。本发明所述方法制备的超疏水纳米透明涂层的超疏水性能优异，接触角达到160°，滚动角1～7°，能够喷涂在大部分常见材质表面，且不改变材料表面本身的形貌，应用前景和潜力非常广阔。