本发明公开了一种基于电气拓扑连接关系的配网主站自愈方法，通过建立一套计算规则，由系统自动发现拓扑连接关系的错误，自动进行报警、自动闭锁主站自愈动作策略，避免因拓扑连接关系错误引起自愈程序误动而造成的配电网运行风险。本发明相比人校核拓扑异常，本方法利用计算机系统获取相关数据并进行分析运算，效率和准确度极高，可有效防范配电网主站自愈功能因拓扑基础数据关系异常引致误动所带来的电网运行风险。