本发明涉及一种基于微波和光纠缠技术的导航时钟同步方法和相应装置,其由地面站模块和机上模块组成，地面站模块包括：发射端电‑光‑力转换器，接收端电‑光‑力转换器，第1微波波导喇叭形天线、第2微波波导喇叭形天线、第3微波波导喇叭形天线，第1单光子探测器、第2单光子探测器，以及符合探测终端；机上模块包括：机上微波波导喇叭形天线，机上接收端电‑光‑力转换器，第4单光子探测器以及现场可编程门阵列器件；本发明将电‑光‑力转换器所制备的微波‑光纠缠用于导航领域，保留了微波在自由空间的传播特性，并将困难的微波光子探测转换成成熟高效的光波光子探测，有利于将量子特性引入导航，从而提升导航的性能。