本发明公开了一种基于双端模拟数据融合的通信分机故障检测方法及系统，适用于目标指示雷达通信分机的性能测试与故障诊断领域，解决通信分机的性能测试与故障诊断无法实时完成，需离线进行数据处理才能得出诊断结果的问题。本发明将双端模拟器、数据融合器设置在数据发送分系统和数据接收处理分系统之间，通过控制双端模拟器和数据融合器同时完成数据发送分系统和数据接收处理分系统的测试，并在线实时进行数据融合处理，判断出故障所在位置。