本发明公开了一种微型三维叠装的MEMS谐振器件的制造方法，微型三维叠装的MEMS谐振器件包括外壳、盖帽及芯片支架，谐振芯片通过固定部安装在芯片支架上且使谐振梁悬空，芯片支架安装在外壳内壁上且与外壳电气连接，外壳内底面设有集成芯片安装槽，集成芯片安装槽内安装有与外壳电气连接的集成芯片，微型三维叠装的MEMS谐振器件的制造方法包括：制作谐振芯片；制造芯片支架；将谐振芯片贴装在芯片支架上；将集成芯片安装在集成芯片安转槽内，并将集成芯片与外壳电气连接；将芯片支架安装在外壳内，并将芯片支架与外壳电气连接；将盖帽盖在外壳敞口处进行气密封。与现有技术相比，本发明在满足MEMS谐振器件稳定性要求的前提下实现MEMS谐振器件的小型化。