本发明公开一种高频信号采集装置及其自适应校准相位方法，属于信号采集技术领域。高频信号采集装置包括两两互连的时钟模块、数据采集模块和FPGA，所述FPGA包括基于所述FPGA的自适应校准相位数据处理模块；所述时钟模块为所述数据采集模块提供时钟信号，所述数据采集模块采集模拟信号转换成数字信号并将其串化传输至所述FPGA，所述FPGA通过所述自适应校准相位数据处理模块处理所述数字信号并存储。本发明利用自适应的相位校准，改变了串并转换产生的相位差，自适应其相位，有效的剔除了数据毛刺。