本公开提供了一种自动同步任意波形发生器输出通道的电路及方法，两个输出通道分别通过继电器选通接入到各自通道的输出端或者比较器的正负输入端，所述比较器的输出端连接到D触发器的时钟输入端；D触发器的D端连接固定高电平，D触发器的Q端输出连接至控制模块的输入口，所述控制模块分别与输出通道连接，用于根据D触发器的Q端的输出电平确定两个输出通道的相位差，根据相位差进行初始相位调整以实现输出通道自动同步；本公开能够完成高精度的通道间延时精密自校准功能，采用多次平均的方式，能够将校准精度大幅提高到ps级，并且在保证各任意波形发生器同步校准精度的同时，大幅提高了校准效率。