本发明公开了一种基于北斗短报文的数据传输编码解码方法及系统，本发明采用标识码+功能码+原始数据的方式将数据采用ASCII码进行编码；按照北斗短报文民用协议要求，将最终数据以ASCII码形式发送；在进行数据解码时，通过标识码判断为普通北斗短报文或符合本方法的短报文内容，如果为符合本方法的短报文内容则读取功能码，根据功能码解析出对应的原始数据。本发明实现对通用Byte数组数据进行传输，由于民用协议限制要求，还可对超过限制长度的数据进行分段组包，具有实现简单、传输量大、节约码流等特点，能最大限度地利用北斗短报文的资源，使得在实际应用中得到更高的效率。