本发明涉及一种基于调整阈值匹配误差的串匹配数据压缩方法，包括编码串、参考串、设定的阈值、以及预设的匹配条件，编码串的最小匹配单位为编码基元，参考串的最小匹配单位为参考基元；设定初始阈值以及对应的匹配条件，比较当前编码基元(或编码串)与参考基元(或参考串)之间是否满足所设定的匹配条件，当前匹配判断完成则对当前阈值进行调整，下一个编码基元或者编码串匹配时使用调整后的新阈值进行匹配判断。本发明考虑到当前匹配误差对全局误差的影响，通过对当前阈值的调整为后续基元的匹配进行全局优化处理，显著提高了编码的效率。