本发明公开了一种基于光子晶体光纤陀螺的新型噪声分离方法，属于光纤陀螺技术领域。本发明建立了光子晶体光纤陀螺的新型的噪声预测模型，涵盖普通光纤陀螺中的散粒噪声、强度噪声、探测器热噪声、暗电流噪声以及由于光子晶体光纤独特结构而引入的背向散射噪声与背向反射噪声；利用非相干背向散射/反射光强不依赖于调制相位，而信号光强依赖于调制相位的原理，通过加载调制方波，测得前后光束的实际光功率，进而将额外光功率分离出来。本发明完善了光子晶体光纤陀螺的噪声分析模型，实现了光子晶体光纤陀螺的性能优化，提高了光子晶体光纤陀螺的工程化应用的可能性。