本发明公开了一种定向清除舱室内材料表面菌斑的设备和方法，本发明利用高压空气流冲刷材料表面菌斑，同时负压抽吸，将冲刷下来的微粒过滤拦截后，通过加热(121?150℃)过滤网将拦截收集到的微生物进行彻底杀灭。本发明体积较小，携带方便，不仅可快速对舱室内材料表面菌斑进行定向清除，而且还可以对背板、缝隙和空气中的微生物进行清除和杀灭，从而实现对舱室内微生物的有效控制和清除，同时本发明技术方案能够在微重力条件下使用。