本发明公开了基于非合作导航卫星信号的无码多普勒定轨方法，通过接收机的射频前端将导航卫星信号转换为数字中频信号，对中频信号进行消码处理后得到连续载波信号，并估计载波信号的初始频率；将该频率值作为锁相环路跟踪的初值，恢复载波并测量提取出各个导航星信号的多普勒频移；然后采用基于多普勒频移特征的匹配算法寻找出某频移对应的导航星；建立高精度测量模型，结合轨道动力学模型，采用卡尔曼滤波器估计出高精度轨道参数。本发明能在明码信号不可用的情况下，利用卫星导航系统发送的加密导航信号，实现高精度定轨。