本发明公开了一种脉冲数据压缩采样方法。包括压缩和采样两个部分。在压缩部分，首先计算脉冲间隔差值序列，并利用脉冲间隔差值序列，计算中间循环变量的初始值；其次利用循环迭代法，计算最终缩小比标准值；然后将脉冲间隔差值序列的所有元素值除以最终缩小比标准值，并按四舍五入取整，得到了一个压缩后的整数脉冲间隔差值序列；最后利用压缩后的整数脉冲间隔差值序列，来还原压缩后的整数脉冲到达时间序列。在采样部分选取合适的压缩采样间隔值；然后以压缩采样间隔值作为时间间隔，形成一个具有二元幅值的、稀疏化的、压缩的整数时间序列。克服了现有技术中因采样间隔不同而导致的脉冲序列特征不稳定、运算量大、运算复杂性高等问题。