本发明公开了一种支持低输入参考频率的混合结构锁相环，包括参考时钟、相位调节模块、频率调节模块、频率振荡器和分频器。本发明还公开了一种混合结构锁相环的运行方法，可在混合结构锁相环中支持低输入参考频率，该混合结构锁相环包括可同时接收模拟信号KP和数字信号KI的混合结构的频率振荡器，接收相位调节模块发送的模拟信号KP以及频率调节模块发送的数字信号KI；合并模拟信号KP和数字信号KI；将合并后的信号经分频器变换频率后，分别将反馈时钟信号返回至相位调节模块和频率调节模块。本发明既能支持低输入参考频率，又具有结构简单、调节精度高、功耗低等特点。