本发明公开了一种数据采集卡高精度授时方法，首先GPS授时模块通过串口与上位机进行信号连接，发送绝对时间至上位机，并发送秒脉冲信号至数据采集卡。接着数据采集卡通过PCIe总线与上位机进行信号连接，并按照每包数据N个采样点连续上传数据至上位机。上位机根据数据采集卡上传的数据计算两个秒脉冲之间的采样数，消除因晶振误差造成的偏差，再进行多次平均，消除由秒脉冲抖动引起的误差，求得精确采样率，即可完成每包数据采样点的精确授时。本发明提出的数据采集卡高精度授时方法，为数据采集卡采集到的数据波形，特别是在高速采样时，提供了高精度时间戳，并提供了高精度的时间维度信息。