一种脉冲序列压缩编码方法及装置，方法包括：S1，根据脉冲序列的有效脉冲信号个数和探测时刻数将脉冲序列分为多组，从脉冲序列的起始端依次为第一组，第二组，……，第N组；S2，统计第一组中的有效脉冲信号个数，并将其记录于蓄水池中形成蓄水池计数值，若蓄水池计数值大于零，则在压缩编码序列中产生一个脉冲信号，同时蓄水池计数值减1；S3，统计第二组中的有效脉冲信号个数，并将其与步骤S2中的蓄水池计数值累加，若累加后的蓄水池计数值大于零，则在压缩编码序列中产生一个脉冲信号，同时蓄水池计数值减1，以此方式依次完成对第三组，……第N组的压缩编码。可使经过压缩编码后的脉冲序列密度接近100％，提高后续信号处理及系统的工作速度。