本发明涉及一种基于硅通孔互连的三维堆叠结构低通滤波器，包括：插指电容器(1)、半导体衬底(3)、若干螺旋电感器(5)和电容接地极板(6)；其中，插指电容器(1)包括电容上极板(12)与电容下极板(11)；半导体衬底(3)位于插指电容器(1)和若干螺旋电感器(5)之间，半导体衬底(3)中设置有若干通孔，通孔中设置有金属柱(31)；螺旋电感器(5)通过金属柱(31)与电容上极板(12)连接；电容接地极板(6)位于半导体衬底(3)上，并且设置在螺旋电感器(5)的周围，通过金属柱(31)与电容下极板(11)连接。本发明实施例通过通孔中的金属柱将螺旋电感器和插指电容器互连形成三维堆叠结构低通滤波器，该低通滤波器结构简单、集成密度高、占用芯片面积小、成本低，易于制作得到。