本发明公开了一种频率信号切换系统及切换方法，包括：主通道频率源、备用通道频率源、鉴相器、低通滤波器、AD转换器、DA转换器、本地振荡器和MCU；主通道频率源和备用通道频率源分别依次连接鉴相器、低通滤波器和AD转换器；AD转换器的输出端均与MCU的输入端相连接，MCU的输出端与DA转换器的输入端相连接，DA转换器的输出端与本地振荡器的输入端相连接；本地振荡器的输出分为两路，一路用于输出信号，另一路再分别与每个鉴相器的输入端相连接。本发明可消除各路频率信号之间存在的固有相位差的影响，使切换过程中相位不跳动、信号不中断，可保证频率信号的连续性和稳定性。